《黎之轨迹 II》以选择章节的方式推进故事；不同章节之间除了主要成员不同，也会随之展开个别的故事情节。完成选择的章节后，将自动开始另一个章节以推进故事。
除了各章节登场的角色具备不同特性，也有可能碰上根据角色特性设计的特殊任务。
来自系列过往作品的『斯温』、『娜狄』本次将作为可操作角色参战。
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斯温‧亚贝尔（CV： 梶原岳人）
年龄：17岁
武器：特殊双剑
『践踏接受过去，向前迈开脚步的人的决心─我们绝不原谅做出这种事的家伙！』
几年前脱离暗杀组织『庭园』，不再担任刺客的少年，脱离组织后与娜狄雅一起逃避追击，发誓不再夺人性命，靠从事搬运工赚取旅费。个性直率明理，绝非冷血之人；武器是手中特殊结构的双剑，能让双剑合体提升威力，或是引爆借斩击标记部位。
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娜狄雅‧莱恩（CV： 石见舞菜香）
年龄：17岁
武器：针／机关玩偶
『小娜想要过着的是，用午睡塞满每天行程表的那种自甘堕落的生活！』
跟着斯温一起脱离『庭园』的伙伴；拥有超乎常人的感官和出色的计算预测能力，能够分析战况与敌人弱点，因为发动能力太耗体力，战斗后总会马上睡着或躺平偷懒。个性看似自由随性向斯温撒娇，其实有着冷酷现实的个性与思考模式。武器是暗杀用的针，以及暗藏各种机关的熊型玩偶。
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新公开地区『港湾都市梅瑟达姆』，位于卡尔瓦德北部，此处仍是通往雷米菲利亚等地的玄关，曾经是北海贸易的要冲。此地较少与东方文化与中东文化接触，在“导力影展”于1208年起移师萨尔瓦德前，每年皆是在梅瑟达姆举办。
另外，首都伊帝斯『特里昂购物中心』、『中央市场』，煌都兰波特『东方二号街』也一起公开。
新登场的探索区域
港湾都市 梅瑟达姆：位于卡尔瓦德共和国北部，面朝北海的中规模港湾都市，作为北海贸易要所，曾是为古都奥拉西翁提供新鲜水产品的重要渔业地区，但现在由于飞行船技术日益发达，市场势力略有紧缩。即便如此，城市依然是连接共和国北西雷米菲利亚公国的重要玄关口。
首都伊迪斯 特里昂购物中心：位于首都3区正对特里昂塔的巨大商场，商场内各类商店繁多——陈列着乌尔努社最新导力制品的“乌尔努社商店”、能品尝到高级甜品的“昆西客厅”、电影院“导力影城”，甚至还有售卖利贝尔王国商品的“利贝尔特产品店”等。
首都伊迪斯 中心市场：从日用百货到生鲜食品一应俱全的大规模市场，除了作为首都的厨房而被人们熟知之外，以观光为目的前来游玩的人也很多，市场内总是洋溢着生机活力。在稍微偏离大道的区域内还开着一家专供特制咖啡豆的烘焙所，餐厅“蒙马特”的咖啡便是使用此豆冲制而成。
煌都兰波特 东方二号街：相当于东方人街中“旧市街”的地区，卢家的势力范围，与东方人街的门脸一番街所不同的是，大众食堂、澡堂等与本地居民生活密切的店铺、设施较多，因此观光客很少到访。同时，这里还作为东方三大拳法之一“月华流”的根据地而广为人知。
关于庭园
在前作中，四名干部都不在了，庭园作为组织已经基本处于崩坏状态，前作之后组织将何去何从，残留的暗杀者们现状如何，这些都将在本作中揭晓。
以“章节选择方式”进行的剧情
本作中主角范恩将同其协力者们在卡尔瓦德共和国各地分头行动，并随之逐步推进剧情发展，每部都会有虽处于同一时间线，但主要登场角色、舞台各异的两个章节登场，玩家可以选择喜欢的章节来进行游戏。
近藤表示，由于本作是以各成员分散开来的形式发展剧情，为了能更细致地描写各地的情况而采用了选择的形式，选项中除了有令人意外的成员组合外，还准备了深挖各角色魅力的事件剧情，敬请期待。
其中部分章节内会发生特殊任务
各章节在推进过程中存在如下情况，会根据登场角色的特性发生特殊任务。例如，操作范恩的空洞核心AI“梅亚”来骇入导力网络，或是活用原暗杀者斯温的能力尾行目标等。任务内容多种多样，除了主线剧情外，支线剧情中也可能会发生这样的任务，应该能成为本篇进行过程中一道不错的调味剂。
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